freeeで残業代が0円｜設定ミス？制度の仕様？給与確定前の確認ポイント

2026年10月15日

この記事は、社会保険労務士法人スポット社労士くんが監修しています。

freee人事労務の給与明細を開いたら、残業時間は入っているのに割増賃金の金額が出ていない。あるいは0円になっている。

このような場合、主に3つの可能性が考えられます。設定に誤りがあるか、freeeの仕様によって自動計算されていないか、実際には割増賃金の対象となる勤務がなかったかです。ただし、給与明細の画面だけ見ても、どのケースに該当するのかを判断することはできません。

確認の分かれ道となるのは、その従業員にどの「労働時間制度」が設定されているかです。給与を確定する前に確認しておきたいポイントを、freee公式ヘルプと法令に沿って整理します。

同じ「0円」でも、意味が3通りあります

3つの例で比べてみます。いずれも架空の設定例です。

登録されている状況	給与明細の割増賃金額	その表示の意味
A　裁量労働制 1日のみなし労働時間9時間	平日の時間外労働・法定内残業に値が出ない	freeeの仕様。ただしみなし時間が8時間を超える分の割増賃金は支払いが必要。任意の手当で支給する運用が前提になります
B　管理監督者（実態も要件を満たしている）深夜に勤務があった場合	時間外・法定内残業・法定休日労働に値が出ない。深夜のみ値が出る	freeeの仕様。深夜割増は管理監督者にも支払いが必要であるため、そこは計算されます。深夜割増率を「0%」にして手当で前払いする設定にしていれば、深夜も値が出ません
C　固定時間制その月は残業なし	0円	正しい表示。割増賃金の支払い対象の勤務がありません

出典：freee人事労務ヘルプセンターの各ページ（2026年9月時点）をもとに作成した設定例。

ここで注意したいのは、AやBが該当するからといって「割増賃金が計算されていなくても問題ない」というわけではない点です。

freeeが計算をしない代わりに、会社側で計算して支払うことが前提になっている状態です。その前提が満たされていなければ、結果として割増賃金の未払いとなる可能性があります。

そのため、確認するポイントは2つです。

①どの労働時間制度で登録されているか

②その制度が、その会社で適法に成立しているか

順番に確認しましょう。

制度によって、freeeが計算する範囲が変わります

選ぶ制度によって、freeeが自動計算する範囲は変わります。

労働時間制度	どんな働き方か	freeeでの割増賃金の自動計算
固定時間制	始業・終業の時刻が決まっている	時間外・休日・深夜とも自動計算されます
シフト制	複数の勤務パターンを用意し、交代で勤務する	自動計算されます。勤務パターンとシフト表で勤務予定を設定します
変形労働時間制（1ヶ月／1年／1週間単位）	繁閑に合わせて、あらかじめ労働日や始業・終業時刻を変えて組む	自動計算されます。シフト表で勤務予定を登録できます（2026年2月にシフト表と勤務予定表が統合）。ただし「繰り返しパターン」機能はシフト制の従業員のみ利用できます
フレックスタイム制	一定期間の総労働時間だけ決め、その範囲内で、従業員が日々の出勤時刻を決める	時間外は会社が設定した清算期間で自動計算されます。コアタイム・フレキシブルタイムに基づく遅刻早退・欠勤控除は自動計算されません。清算期間の不足時間控除は、設定で自動計算できます。月給者のみ適用可
裁量労働制	実際の労働時間にかかわらず、あらかじめ定めた時間を働いたとみなす	平日（所定労働日）の時間外労働・法定内残業の割増賃金は自動計算されません。深夜・所定休日・法定休日に働いた時間は「みなし時間」の対象外なので、実績に応じて自動計算されます
管理監督者	労働基準法第41条に定められた働き方の一種。1日8時間・週40時間の法定労働時間、休憩、週1日の休日の規定が適用されない	深夜労働の割増賃金のみ自動計算されます
事業場外みなし労働時間制など	外回りなどで労働時間の算定が難しい働き方	freeeでの勤怠管理は非対応です

出典：freee人事労務ヘルプセンターの各ページ（2026年9月時点）をもとに作成。

下の3つを、さらに詳しく解説します。

管理監督者：深夜割増だけが計算されます

freee人事労務の勤務・賃金設定において「管理監督者」が適用されている従業員は、深夜労働の割増賃金のみ自動計算され、時間外労働・法定内残業・法定休日労働の割増賃金は自動計算されません。

「管理監督者」の勤務・賃金設定を適用している従業員の給与明細には、法定内残業時間・時間外労働時間・法定休日労働時間の「割増賃金額」欄に値は表示されません。

freee人事労務ヘルプセンター「勤務・賃金設定 – 管理監督者」（2026年9月時点）

管理監督者に設定できる「割増賃金」も、深夜労働の割増率だけです。法定休日労働の割増賃金を自動計算する設定はできません。freee公式も、深夜労働に加えて法定休日労働の割増賃金を実績に応じて支給している運用には適していないとしています。

これは、労働基準法上、一定の要件を満たす「管理監督者」については、労働時間、休憩、休日に関する規定の適用が除外されているためです。管理監督者には、一般の従業員のように法定労働時間や法定休日の規制が適用されないため、時間外労働や法定休日労働に対する割増賃金も原則として支払う必要がありません。

一方、深夜労働については管理監督者にも割増賃金を支払う必要があります。そのため、freee人事労務でも、管理監督者については深夜労働の割増賃金のみ自動計算される仕組みになっています。

つまり、金額欄を見ただけでは「制度の仕様なのか、設定の誤りなのか」を区別できません。判断するには、まず登録されている労働時間制度を確認する必要があります。

裁量労働制：労働時間は集計されるのに、割増賃金は自動計算されません

freee人事労務の勤務・賃金設定において「裁量労働制」が適用されている従業員は、平日（所定労働日）の時間外労働・法定内残業の割増賃金は自動計算されません。

深夜労働・所定休日・法定休日に関しては労働時間の「みなし」の対象外であるため、実績に応じて割増賃金が自動計算されます。

freee人事労務ヘルプセンター「勤務・賃金設定 – 裁量労働制」（2026年9月時点）

労働時間は勤怠に表示されているのに、金額が表示されない。この組み合わせが見落とされやすいところです。勤怠画面を見て「残業時間はきちんと表示されているから大丈夫」と判断してしまうためです。

そしてここが大事な点ですが、自動計算されないからといって支払いが不要になるわけではありません。freee公式ヘルプは、支払うべき割増賃金を自分で計算して手当として設定する手順を示しています。

みなし労働が8時間を超えて時間外労働の割増賃金を支給する必要がある場合は、手当を設定し支給します。

1時間あたりの賃金×時間外労働の賃金割増(1.25以上)×1日あたりの時間外労働時間×1ヶ月の平均所定労働日数

求めた割増賃金は、割増賃金の基礎に含めない任意の手当として支給します。

freee人事労務ヘルプセンター「勤務・賃金設定 – 裁量労働制」（2026年9月時点）

たとえば、freee公式は、1時間あたりの賃金1,250円・割増率25%・1日あたりの時間外労働2時間・20日の勤務の場合、次のように計算する例が示されています。

1,250円 × 1.25 × 2時間 × 20日＝ 62,500円

freeeで裁量労働制を適用できるかのチェック項目にも、「みなし労働における割増賃金については、任意の手当で支給している」という項目があります。

このような手当を設定していないまま運用している場合、みなし時間が法定労働時間である8時間を超える分の、必要な割増賃金が支払われていないことになります。

ほかにも、裁量労働制を選ぶと次の制約がつきます。

時給者の従業員には未対応です（freee人事労務は裁量労働制の時給者の給与計算に対応していません）
「有休（半休）」「有休（時間休）」の取得に対応していません
所定休日の労働は「みなし」の対象外なので、勤務があれば残業手当を支給します

フレックスタイム制：日々の控除と、清算期間の不足時間は別です

フレックスタイム制の場合では、2つに分けて考える必要があります。

日々の遅刻早退・欠勤控除……コアタイム・フレキシブルタイムに基づく自動計算は行われません。設定項目もデフォルトは「自動計算しない」です。freeeは「フレックスタイム制では、遅刻早退・欠勤したとしても当日や別日の労働時間で不足分を補うことができれば勤怠控除を行う必要がないため」と説明しています
清算期間の不足時間控除……「不足時間控除を自動計算する」設定があります。「する」に設定すると、実績の労働時間が清算期間における総労働時間に満たなかった場合、不足した時間分の賃金が自動で控除されます（不足時間控除＝ 1時間あたりの賃金 × 不足時間）

つまり「フレックスだから控除は一切計算されない」わけではありません。会社の規程・労使協定でどう定めているかと、freeeの設定が合っているかを照合してください。

そのほかにも、フレックスタイム制を利用するには、freeeの仕様上、確認しておきたい注意点があります。

フレックスタイム制を適用できるのは月給者のみです。日給者や時給者には適用できません
欠勤控除はされず、「不足時間」の扱いになります。欠勤・代休・無給の特別休暇・振替休日を取得しても「控除対象の欠勤日数」には集計されません
清算期間が1ヶ月を超える場合の処理は非対応です（不足時間の翌清算期間への繰り越しは行われません）
勤怠インポートは、freee形式とKING OF TIME形式以外は未対応です

（出典：freee人事労務ヘルプセンター「勤務・賃金設定 – フレックスタイム制」）

「自動計算されない」理由は、制度ごとに違います

ここを一括りにすると、判断を誤ります。

管理監督者の場合、時間外・休日労働の割増賃金が計算されないのは、労働基準法第41条により1日8時間・週40時間の法定時間や休日の規定が適用されないためです。もっとも、深夜労働の割増賃金は支払う必要があり、年次有給休暇も通常どおり付与する必要があります。freee公式でも、この点が案内されています。

一方裁量労働制では事情が違います。適法に導入していても、みなし労働時間が法定労働時間を超える場合は割増賃金の支払いが必要です。freee人事労務では、この分を別途計算して手当として設定します。したがって、制度が適法に導入されているかだけではなく、必要な割増賃金が給与に適切に反映されているかも確認する必要があります。

フレックスタイム制の日々の遅刻・早退・欠勤による控除が自動計算されないのは、清算期間全体の総労働時間で見るという制度の性質によるものです。これは、賃金を支払わなくてよいという意味ではなく、労働時間を確認する単位が異なるということです。

そして共通していえるのは、その制度がその会社で適法に成立しているかどうかを、freeeは判定していないことです。freee人事労務では、会社が選択・設定した労働時間制度に基づいて勤怠や給与を計算します。

制度が成立しているかは、別に確認が必要です

労働時間制度は、会社が呼び方を決めれば成立するものではありません。制度ごとに適用するための要件があり、それを満たしていなければ原則どおり「1日8時間・1週40時間」の規制が適用されます。

ただし、制度ごとに必要な手続きや要件の内容は異なります。「書面がなければ成立しない」と一括りに考えることはできません。

そのため、freee人事労務でどの制度を選択しているかを確認するだけでなく、その制度を適法に適用するための要件を会社が満たしているかについても、別途確認する必要があります。

制度	成立のために必要なこと
管理監督者	労使協定・届出は不要。職務内容、責任と権限、勤務態様、待遇の実態から判断されます。社内の役職区分や肩書きだけでは判断できません。
1ヶ月単位の変形労働時間制	労使協定または就業規則その他これに準ずるものによる定め（どちらでも導入できます）。変形期間を1ヶ月以内とし、起算日を定め、法定労働時間の総枠の範囲内で各日・各週の労働時間を特定します。労使協定・就業規則は原則として所轄労働基準監督署長への届出が必要です。常時10人未満の事業場が就業規則によって導入する場合は、就業規則の届出は不要ですが、従業員へ周知する必要があります
1年単位の変形労働時間制	労使協定の締結と労働基準監督署への届出が必要。対象期間の労働日と労働時間を、あらかじめ特定しておく必要があります
1週間単位の変形労働時間制	労使協定の締結と届出が必要。常時使用する労働者が30人未満の小売業・旅館・料理店・飲食店に限り適用できます。
フレックスタイム制	就業規則等への定めと労使協定の締結。清算期間が1ヶ月を超える場合は、所轄労働基準監督署への労使協定の届出も必要です
専門業務型裁量労働制	省令・告示で定められた20業務に限り、適用できます。労使協定の締結と届出が必要。2024年4月施行の改正により、本人の同意を得ること、同意の撤回の手続きを定めることが協定事項に加わりました
企画業務型裁量労働制	労使委員会の決議と所轄労働基準監督署への定期報告が必要。手続きや対象業務について、導入のための要件が多く複雑になります。

出典：厚生労働省「専門業務型裁量労働制とは」、兵庫労働局「1か月単位の変形労働時間制」ほか（2026年9月時点）。

「制度は導入したが協定を結んでいない」「協定の有効期間が切れたままになっている」という状態は、実務ではよくあるケースです。この場合、freeeの設定が制度どおりでも、必要な要件を満たしていないため、その制度を適法に適用できていない可能性可能性があります。

それぞれ制度ごとに、注意すべきポイントも異なります。

管理監督者については、実態が伴わないまま管理監督者として扱っていた場合、いわゆる「名ばかり管理職」として、さかのぼって残業代などの支払いを求められることがあります。管理監督者であっても深夜労働の割増賃金は必要です。年次有給休暇も適用され労働時間の状況をアアクスル義務も会社に残ります。

専門業務型裁量労働制は、2024年4月施行の改正で労使協定に定める事項が増えました。すでに導入済みの会社も、協定の見直しが必要になっています。「本人に任せている仕事だから」という理由で対象業務を広げることもできません。

freee自身も「事前に社労士に確認を」と書いています

給与計算の基礎となる設定ですので、あなたの事業所における現状の所定時間等のルールが労務上、問題ないかについては事前に社労士にご確認いただくことをおすすめします。

freee人事労務ヘルプセンター「【代替手段】シフト制の設定方法について」（2026年9月時点）

労使協定や就業規則に関する質問についても、「freeeサポートデスクでは、ご案内ができかねますので社労士などの専門家にご相談ください」と案内されています。

つまり、freee人事労務が担うのは「決まったルールに沿って計算すること」であり、「どのルールを適用すべきか」を判断することは、その範囲の外にあります。freee公式でも、その役割の違いが明確に示されています。

労働時間制度を変えたいときは

労働時間制度を「変更できない」という話を聞いたことがある方も多いと思います。ここは「変更できない」という意味を2つを分けて理解しておくと、対応しやすくなります。

勤務・賃金設定の作成後に、労働時間制度の変更はできません。

給与計算期間の途中から別の労働時間制度へ切り替えて勤怠集計・給与計算を行なうことはできません。

freee人事労務ヘルプセンター「労働時間制度と勤務・賃金設定について」（2026年9月時点）

既存の勤務・賃金設定の「労働時間制度」項目は、あとから直接編集できません。作成時に確定します
制度を変えること自体は、新しい勤務・賃金設定を作成して対象の従業員に適用するという形で行います。適用する給与月を決めて切り替えます
ただし給与計算期間の途中からの切り替えは非対応です。月の途中で切り替えることはできません
不要になった設定を削除する場合はご注意ください。「一度削除を行った勤務・賃金設定は、もとに戻すことができません」（freee公式ヘルプ「勤務・賃金設定を追加する」）

つまり「一度設定したら二度と直せない」のではなく、直すには設定を作り直して適用し直す必要があるということです。作業のやり直しが大きくなるケースもあるため、事前に労働時間制度を適用する制度や設定内容を確認しておくことが大切です。

締め日・支払日の変更は、変形・フレックスだと手順が増えます

フレックスタイム制・変形労働時間制は、締め日・支払日と紐づいて設定されます。そのため締め日支払日を変えたい場合は、通常とは異なる手順を踏むことになります。

対象の従業員を、いったんフレックス・変形以外の勤務・賃金設定に一時的に変更する
締め日・支払日を変更する
変更後の正しい締め日・支払日と紐づく勤務・賃金設定を新たに作成し、対象の従業員に設定する

freee公式は、「給与明細の確定状況に関わらず、freee人事労務に従業員情報の登録のあるすべての期間の勤務・賃金設定を変更する必要があります」と注意しています。過去の勤怠・給与への影響が出る操作のため、必ず注意事項を確認したうえで進めてください。

（出典：freee人事労務ヘルプセンター「締め日支払い日を変更する方法は？ – フレックスタイム制・変形労働時間制を利用している場合」）

給与を確定する前に、確認する3ステップ

給与を確定する前に、次の３つを確認しましょう。

freeeで［従業員］→［従業員情報］→ 対象の方 →「基本給と割増賃金」を開き、適用されている勤務・賃金設定と労働時間制度を確認する
その従業員の直近の給与明細で「割増賃金額」を見る。割増の対象になる勤務があるのに0円または値が出ていない場合は、次の4つを順に確認する
その制度の根拠になる労使協定・就業規則・本人の同意が手元にあるか、有効期間が切れていないかを確認する

①制度の仕様か……管理監督者・裁量労働制なら、その範囲は自動計算されません

②勤怠が反映されているか……勤怠が未入力・未集計だと金額も出ません

③割増賃金の設定……割増率が0%になっていないか。従業員別の割増賃金設定や固定残業代の設定が入っていないか

④別の手当で支給していないか……裁量労働制のみなし超過分や、深夜割増の前払いを手当で処理している場合があります

（参考：freee人事労務ヘルプセンター「割増賃金・固定残業代の設定を行う」）

特に確認しておきたいのは、管理監督者・裁量労働制で登録されている従業員です。対象者は少なくても、1人あたりの金額と対象期間が大きくなりやすいところです。

制度の適用が適切で、別途支払う必要がある部分を手当などで運用できているなら問題ありません。確認していただきたいのは、「自動計算されないこと自体を知らなかった」という状態になっていないかです。

まとめ

割増賃金額が0円・未表示でも、その理由は「設定の誤り」「制度の仕様」「対象の勤務なし」の3通りが考えられる。給与計算の画面だけではどのケースに該当するかは区別できない
管理監督者は深夜割増のみ自動計算。裁量労働制は平日の時間外・法定内残業が自動計算されない。フレックスはコアタイム等に基づく遅刻早退・欠勤控除が自動計算されない（清算期間の不足時間控除は設定で自動計算できる）
自動計算されない理由は制度ごとに違う。裁量労働制は、みなし時間が法定労働時間を超えれば割増賃金の支払いが必要で、freeeでは手当として設定する
制度の要件や手続きも制度ごとに違う。1ヶ月単位の変形は就業規則等でも導入可、管理監督者は実態で判断、専門業務型裁量労働制は2024年4月施行の改正で本人同意等が協定事項に追加
既存設定の労働時間制度は直接編集できないが、新しい勤務・賃金設定を作って適用すれば変更できる。ただし給与計算期間の途中での切り替えは非対応
freee公式も「事前に社労士にご確認いただくことをおすすめします」と書いている